(Bio)Perl

Handleiding bij het installeren van Textpad, Perl en BioPerl

Stap 1: Download en installeer Textpad

Ga naar http://www.textpad.com/download/ en kies hier voor de .exe installer van de laatste Engelse versie.
Opgelet:

  • Als je een mac, linux, of 64-bit windows-besturingsysteem hebt, dan moet je voor een andere installer kiezen die aangepast is aan jouw systeem. Mac-gebruikers kunnen Textpad niet gebruiken, maar er zijn alternatieven zoals Eclipse beschikbaar.

Stap 2: Download Perl

Ga naar http://www.perl.org/get.html en kies hier je besturingsysteem. Voor de meeste is dit Windows. Hier heb je de keuze tussen Strawberry Perl en Active Perl. Je kiest voor Active Perl en klikt rechtsboven op free downloads. Dan kies je bij de 5.12 versie voor windows (x86) en de MSI windows installer.
Opgelet:

  • Als je een mac, linux, of 64-bit windows-besturingsysteem hebt, dan moet je voor een andere installer kiezen die aangepast is aan jouw systeem.

Stap 3: Installeer Perl

Na het downloaden, zal de installer automatisch starten. Klik op uitvoeren en klik telkens op next en uiteindelijk op finish
Opgelet:

  • Als je dit op een pc in de pcklassen doet, kunnen er errors komen in verband met registration rights of iets dergelijk, blijf gewoon op ignore klikken, het komt wel goed.
  • Als je reeds een vroegere versie hebt staan, moet je de map waarin Perl geïnstalleerd wordt anders noemen dan de oorspronkelijke versie via de browse knop (ofwel de oorspronkelijke versie verwijderen via configuratiescherm -> een programma verwijderen).

Stap 4: Start Perl Package Manager (PPM)

Ga naar de map waarin je Perl geinstalleerd hebt (standaard C:\ Perl of C:\Program Files\Perl), open de map bin en zoek ppm.bat en dubbelklik. Er wordt een commandline-venster geopend, doe hierin niets maar wacht tot de PPM interface wordt getoond.
Opgelet:

  • Als je file-extensies niet getoond worden, kun je de verkeerde ppm openen, kijk dus even na of je wel zeker het windows-batchbestaand aan het openen bent.
  • Nadat het commandline-venster geopend wordt, kan het even duren vooraleer de interface getoond wordt, blijf dus geduldig wachten…

Stap 5: Installeer BioPerl

Ga naar Edit -> Preferences, klik het tabblad Repositories aan. Typ bij Name: bp en bij Location: http://bioperl.org/DIST en klik op Add. Typ dan in het zoekvenster bioperl en klik op het grijze doosje helemaal links (view all packages). In de lijst vind je dan BioPerl. Je klikt dan op het gele doosje met het groene plusje juist rechts van het zoekvenster (mark for install) en wacht eventjes tot de groene pijl naar rechts oplicht. Dan klik je op deze groene pijl (run marked actions). PPM meldt dat er 1 package + 48 additional packages geïnstalleerd moeten worden. Je bevestigt en laat PPM z’n werk doen. Na enige tijd is de installatie van BioPerl voltooid
Opgelet:

  • Zorg dat je zeker op het grijze doosje gaat staan, anders verschijnen alleen reeds geïnstalleerde packages in de lijst en daar staat BioPerl niet tussen.
  • Ook hier kan alles lang duren, blijf geduldig wezen!

Stap 5b: Installing bioperl on your own writable custom location

  • go to command prompt (cmd)
    go to location H:
    make directory eg. mkdir LIB
    set PERL5LIB=H:\LIB; export PERL5LIB
    set path=%PATH%;c:\perl64\bin
    c:\perl64\bin\ppm.bat
    select in PPM preferences under Areas tab the newly made LIB directory
    double check that in respositories bioperl is added (http://bioperl.org/DIST)
    search for Bioperl, right click to select/mark for install (wait a few minutes)
  • run installer
  • make sure to include use lib “H:\\LIB”; in your script

Stap 6: controleer werking BioPerl

Ga binnen de map Perl naar site->lib. Hierin moet je de map Bio terugvinden. Je kan ook een programma uit het practicum dat gebruikt maakt van de Bio-modules testen.
Opgelet:

  • Als je bij het testen een error in de vormen van STAG/STACK vindt, moet je nog Data-stag installeren. Dit doe je door in de PPM in het zoekvenster stag in te typen en in de lijst (grijze doosje remember) Data-stag te selecteren, te markeren en te installeren.

Stap 7: Textpad klaarmaken voor (Bio)Perl

Open Textpad en klik in de menubalk op Configure en vervolgens op Preferences. Kies in de linkerkolom voor Tools en klik op Add->Program. Kies dan voor de map waar je Perl geïnstalleerd hebt (bv C:\ Perl) en kies voor de map bin en zoek hierin perl(eventueel met versienummer).exe.
Om syntax highlighting aan te zetten ga je naar Configure, New Document Class. Als Document class name kies je bv voor Perlclass en als class members *.pl en vink syntax highlighting aan. Als syntax bestand neem je perl.syn.

Thanks to Kaat Cappelle for this howto